Научную работу в академии координирует научный отдел, который является проводником стратегии развития академии, на него возложены управленческие, координирующие и консультационные функции в организации научно-исследовательских, опытно-конструкторских работ, технологических разработок, и научно-технических услуг выполняемых кафедрами академии. Возглавляет научный отдел Алексей Александрович Бахарев, кандидат сельскохозяйственных наук.

Академия выполняет научные исследования по различным направлениям. В настоящее время наиболее динамично развиваются направления в сфере сельского хозяйства, рационального природопользования и экологии, а также работы, выполняемые в интересах ведущих предприятий агропромышленного комплекса области.

В академии функционирует агробиотехнологический центр, оснащенный современным оборудованием.

При академии работает малое предприятие Научно-производственный центр «Эврика» (НПЦ «Эврика»), которое разрабатывает и производит высокоэффективные препараты на основе торфа, активизирующие рост и развитие растений животных.

ФГУП «Учхоз ТГСХА» - имеет высокое технологическое оснащение всех производственных процессов, это позволяет использовать его материальную базу в качестве технопарка. На базе учхоза проходят апробацию новые технологии в растениеводстве и животноводстве с последующим их внедрением в производство.

Полигоном для отработки технологий в растениеводстве служит опытное поле и овощной участок.